Program Studi Perlindungan Tanaman/Proteksi Tanaman Jurusan Hama dan penyakit Tumbuhan-(HPT), Fakultas Pertanian, Universitas Syiah Kuala sudah aktif sejak tahun 1979 dan SK pendiriannya dikeluarkan sejak tahun 1984 (SK No. 59/Dikti/Kep/1984). Tahun 2008 Jurusan HPT, Jurusan Agronomi dan Jurusan Ilmu Tanah bergabung dan menjadi Program Studi Agroteknologi (SK Rektor Unsyiah Nomor 407 Tahun 2008). Program Studi Hama dan Penyakit Tumbuhan berubah menjadi bidang minat Perlindungan Tanaman dalam lingkup Program Studi Agroteknologi. Tahun 2014 oleh tim pengusul Program Studi Proteksi Tanaman kembali mengusulkan agar prodi tersebut aktif kembali. Tahun sesuai dengan SK Kemristekdikti Nomor.187/KPT/I/2015, Program Studi Hama dan Penyakit Tumbuhan kembali berdiri sendiri dan berganti nama menjadi Program Studi Proteksi Tanaman (PS PTN) sesuai dengan SK Kemristekdikti Nomor.187/KPT/I/2015. Pada tahun ajaran 2016/2017 PS Proteksi Tanaman telah menerima mahasiswa baru melalui mekanisme yang berlaku seperti penerimaan mahasiswa di prodi lain di Universitas Syiah Kuala. Berdasarakan kronologis tersebut diatas menjadi suatu kendala hingga mengalami beberapa tahun prodi proteksi tanaman tidak memiliki lulusan secara khusus yang langsung dari prodi proteksi tanaman, tetapi lulusan dari bidang minat perlindungan tanaman sejak tahun 2012 s/d 2020, dan untuk tahun 2021 prodi proteksi tanaman kembali menghasilkan lulusan.
Berikut Ketua Jurusan/ Prodi Proteksi Tanaman dari masa ke masa adalah sebagai berikut:
- Ir. Azwir Mirin (1979 - 1983)
- Masra Rahim (1983 - 1987)
- Azwir Mirin (1987 - 1991)
- Mawardinnur, SU (1991 - 1995)
- Hasanuddin, MS (1995 - 1999)
- Ir. Alfizar, DAA (1999 - 2003)
- Ir. Husni, M.Agric.Sc (2003 - 2007)
- Tjut Chamzurni, MP (2007 - 2009)
- Gina Erida, MP * (2009 - 2015)
- Muhammad. Sayuthi, SP. MP. (2016 - 2024)
*Ketua Bidang Minat Perlindungan Tanaman saat masih bergabung dengan Prodi Agroteknologi